请问补考科目三是不是不能使用贵州交警APP自主预约考试？

可以的，手机登录“贵州交警”客户端，进入“驾照考试预约”，系统显示“本系统提供贵州省内驾驶证各个科目考试预约服务”，进入后按照提示根据自身实际情况，填写姓名、身份证号、手机号、地址，选择预约考试科目、时间及考场提交审核。申请提交后，在“预约结果查询”中查看后台审核情况，通过审核的，请携带身份证按预约时间提前1小时到所预约考场办理身份认证、缴纳考试费等业务，以保证顺利参加考试。如没有通过审核，请根据不通过的原因重新预约。